Vào năm 1992 Vụ Đại học Bộ giáo dục và đào tạo Việt Nam đã gợi ý cho Đại học Tổng hợp Hà Nội, tiền thân của Đại học quốc gia Hà Nội, áp dụng học chế tín chỉ, nhưng đã bị từ chối. Từ niên khoá 1993-1994, khi những khó khăn chung của đất nước và của các trường đại học dịu bớt, Bộ giáo dục và đào tạo Việt Nam khuyến khích các trường đại học cải tiến học chế học phần để có học chế học phần triệt để hơn, tiến tới áp dụng hoàn toàn Phương pháp đào tạo theo hệ thống tín chỉ[11]. Nơi đầu tiên thực hiện quá trình chuyển đổi này là Trường Đại học Bách khoa thành phố Hồ Chí Minh (niên khóa 1993-1994). Sau đó một năm (niên khóa 1994-1995) các trường Trường Đại học Đà Lạt, Trường Đại học Cần Thơ, Trường Đại học Thuỷ sản Nha Trang cũng áp dụng học chế tín chỉ. Tiếp theo là một khoa của Trường Đại học Xây dựng Hà Nội, Trường Đại học Dân lập Thăng Long...Để tăng tính liên thông của hệ thống giáo dục đại học Việt Nam và hội nhập với giáo dục đại học thế giới, trong những năm gần đây Nhà nước Việt Nam đã đưa ra chủ trương mở rộng áp dụng học chế tín chỉ. Trong Quy hoạch mạng lưới trường đại học, cao đẳng giai đoạn 2001-2010 được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt theo Quyết định 47/2001/QĐ-TT có nêu: các trường cần thực hiện quy trình đào tạo linh hoạt, từng bước chuyển việc tổ chức quy trình đào tạo theo niên chế sang học chế tín chỉ. Trong Báo cáo về Tình hình Giáo dục của Chính phủ trước kỳ họp Quốc hội tháng 10 năm 2004 lại khẳng định mạnh mẽ hơn: Chỉ đạo đẩy nhanh việc mở rộng học chế tín chỉ ở các trường đại học, cao đẳng, trung học chuyên nghiệp và dạy nghề ngay từ năm học 2005-2006, phấn đấu để đến năm 2010 hầu hết các trường đại học, cao đẳng đều áp dụng hình thức tổ chức đào tạo này.

Giáo dục Việt Nam đang khẩn trương xây dựng một lộ trình chuyển đổi từ học chế học phần sang học chế tín chỉ trong toàn bộ hệ thống giáo dục đại học nhằm tiếp thu triệt để tinh hoa của nền giáo dục tiên tiến của thế giới, đồng thời kết thúc thời kì tồn tại hai phương thức đào tạo song song gây khó khăn trong việc đánh giá sinh viên học theo hai phương thức này với hai thang điểm khác nhau (thang điểm 10 và thang điểm 4) mà chưa có một công thức quy đổi điểm thống nhất trong cả nước.[12]

Ngày 18 tháng 6 năm 2012, Quốc hội lần đầu tiên thông qua Luật Giáo dục Đại học, đưa ra "quy định về tổ chức, nhiệm vụ, quyền hạn của cơ sở giáo dục đại học, hoạt động đào tạo, hoạt động khoa học và công nghệ, hoạt động hợp tác quốc tế, bảo đảm chất lượng và kiểm định chất lượng giáo dục đại học, giảng viên, người học, tài chính, tài sản của cơ sở giáo dục đại học và quản lý nhà nước về giáo dục đại học." [13]